der Gründung der Thai Silk Company und der erwirtschafteten Gewinne, sondern vielmehr in der Tatsache, dass diese Firma unvermeidlich Konkurrenzunternehmen in Thailand zur Folge hatte und diese wiederum den Grundstein für eine florierende Industrie legten, die einer Unzahl von Thais Arbeit geben konnte.
Thompson liess auch testamentarisch verfügen, dass sein Haus und seine umfangreiche Kunstammlung nach seinem Tode an den thailändichen Staat fallen. Er war als Sammler thailändischer Kunst beinahe notorisch und dies brachte ihm auch eine der schlimmsten Enttäuschungen seines Lebens ein. Er geriet in Konflikt mit dem Fine Arts Department, das ihn des Diebstahls von fünf Buddhaköpfen bezichtigte. Thompson eklärte, er habe seine Sammlung nur angelegt, um die Stücke in Thailand zu halten und sie davor zu bewahren, auf Nimmerwiedersehen im Ausland zu verschwinden. Das Department blieb jedoch hart. Man vermutete auch, das einflussreiche Konkurrenten hinter der Anklage standen. Auf der anderen Seite muss man das Department auch verstehen, denn die Ausrede, man wolle die Stücke nur schützen, oftmals noch gepaart mit dem diskreten Verweis, der thailändische Staat sei dazu ja nicht in der Lage, war schon immer eine beliebte Ausrede von Kunstdieben. Thompson blieb nichts anderes übrig, als die Buddhaköpfe zurückzugeben und enttäuscht und verärgert veräusserte er auch alle anderen thailändischen Stücke seiner Sammlung und konzentrierte sich in der Folge auf das Sammeln von Keramiken und religiöser Kunst der umliegenden Länder. So gross muss seine persönliche Enttäuschung gewesen sein, dass er umgehend sein Testament änderte und einen Neffen als Erben einsetzte.
Im März 1967 machte Jim Thompson mit einer Freundin Urlaub auf dem Landsitz eines befreundeten Ehepaares in den Cameron Highlands in Malaysia. Thompson war ein begeisteter Wanderer und liebte es, im Dschungel umherzuschweifen. Während seiner Zeit beim OSS war er gründlich für das Überleben in der Wildnis ausgebildet worden. Am Ostersonntag 1967 bemerkten seine Gastgeber noch, wie Thompson in legerer Freizeitkleidung das Haus verliess. Als starker Raucher hatte er selbst seine Zigaretten zurückgelassen. Anschliessend wurde er nie mehr wieder gesehen.
Eine umfangreiche Suchaktion wurde eingeleitet und als man keine Spur Thompsons fand schaltete man selbst Hellseher und Geisterbeschwörer ein. Thompson jedoch blieb verschwunden. In der Folge entwickelten sich eine Unzahl an Theorien über sein Verschwinden und er selbst wurde zu einer Legende.
Die naheliegendste Theorie besagte, dass Thompson sich verlaufen oder einen Unfall gehabt habe. Dagegen spricht jedoch die Tatsache, dass man trotz intensivster Suche nie etwas von ihm fand und auch die Ureinwohner des Dschungels, die diesen wie ihre Westentasche kennen und die an der Suche beteiligt waren, fanden nie auch nur den Hauch einer Spur.
Eine andere Theorie besagte, Thompson wäre von einer malayischen Banden entführt worden, um Lösegeld zu erpressen, was zu dieser Zeit nicht gerade ungewöhnlich war. Besonders reiche Chinesen wurden oft Opfer von Entführungen. Es gab jedoch nie eine Lösegeldforderung und auch auf die hohe Belohnung, die für Hinweise auf den Verbleib Thompsons ausgesetzt worden war, sprang nie jemand an.
Andere meinten, Thompson wäre aus politischen Gründen entführt worden. Evtl. stecke sogar Pridi Banomyong, der in China lebte und mit kommunistischen Umtrieben im Grenzland in Verbindung gebracht wurde, dahinter. Vielleicht sei Thompson sogar freiwillig verschwunden, da er ein CIA-Agent gewesen sei und ihm der Boden zu heiss geworden wäre. Dies wurde jedoch von der CIA verneint und auch seine veröffentlichten Akten liessen keinerlei Verbindungen zu dem Gehiemdienst erkennen. Laut CIA sei Thompson aufgrund seiner liberalen Ansichten und seiner freundschaftlichen Kontakte auch zu Kommunisten ohnehin denkbar ungeeignet für eine Agententätigkeit gewesen. Ausserdem war Thompson so tief in seine Arbeit mit der Thai Silk Co. vetieft gewesen, dass seine Freunde meinten, er hätte schlicht keine Zeit für eine Tätigkeit als Agent gehabt, selbst wenn er gewollt hätte. Auch Pridi meinte, als man ihn auf die Entführungstheorie ansprach, es habe nie einen Grund gegeben, etwas mit oder gegen Thompson zu planen, da dieser zumindest in politischer Hinsicht, keinen Wert gehabt habe. Gegen eine politische Entführung spricht desweiteren auch der Tatort. Eine Entführung in Malaysia hätte einiges an logistischen Vorbereitungen erfordert und auch unkalkulierbare Risiken beinhaltet. Darüberhinaus wussten nur wenige Menschen von Thompsons Reise zu den Cameron Highlands. Hätte man Thompson entführen wollen, hätte man jeden Tag viel bessere Gelegenheiten dazu gehabt, da er es liebte, allein durch Bangkok und seine Märkte zu spazieren und seine täglichen Wege kein Geheimnis waren.

Jim Thompson wurde 1974 offiziell für tot erklärt, ohne dass es je einen Hinweis auf sein Schickal gegeben hätte. Sein Neffe und Erbe liess Thompsons Besitz in eine Stiftung umwandeln. Sein vielbewundertes Thai-Haus ist heute ein Museum und wird jeden Tag von Hunderten Menschen besucht.