grenzenlosen Mitleides, zu seiner Schutzgottheit. Um die neue Religion zu festigen, liess Jayavarman VII. eine Unzahl an neuen Tempeln errichten, darunter den Preah Khan, den Ta Prohm und, als seinen zentralen Tempel, den Bayon, ein Meisterwerk der Khmer-Architektur. Charakteristisch für die Tempel aus dieser Epoche sind die Türme, die das milde lächelnde Gesicht Avalokitesvaras zieren. Man geht heute davon aus, dass diese Gesichter die Züge des Königs tragen, was durchaus seinem Selbstverständnis als gütiger Vater seiner Nation entsprechen dürfte. Jayavarman VII. baute das Strassensystem aus und liess, ganz im Sinne Avalokitesvaras, überall im Reich Hospitäler errichten. Er war jedoch auch in militärischen Dingen überaus erfolgreich und unter seiner Regierung erreichte das Reich der Khmer seine grösste Ausdehnung. Selbst Reiche in Burma und auf der malayischen Halbinsel werden in Quellen als Vasallen Angkors genannt.
Allgemein gilt die Regierungszeit Jayavarmans VII. als Goldenes Zeitalter der Khmer. Auch heute noch geniesst er grösste Verehrung in Kambodscha und seine Büsten und Standbilder sind häufiger anzutreffen, als die des gegenwärtigen Königs. Jayavarman VII. war der grösste Baumeister Angkors und man stösst überall auf Zeugnisse seiner Regierungszeit. Offensichtlich läutete aber auch sein enormer Bauwahn das Ende Angkors ein, denn er brachte das Reich an die Grenzen seiner Kapazitäten. Nachdem alle Sandsteinvorkommen in der Umgebung aufgebraucht waren, musste man diesen von weit her heranschaffen. Der Bau und die Instandhaltung der Tempel verschlangen Unsummen und banden Legionen von Arbeitern, die an anderen Stellen gebraucht wurden.
Jayavarman VII. starb 1220 und sein Tod läutete auch das Ende des Khmer-Imperiums ein, auch wenn es noch beinahe 200 Jahre fortbestehen sollte.

Von den Nachfolgern Jayavarmans VII. besass keiner auch nur annähernd das Potential dieses Königs. Indravarman II. und Jayavarman VIII. versuchten die Uhr zurückzudrehen und den alten hinduistischen Glauben und den Devaraja-Kult neuzubeleben. Hiervon zeugen zahlreiche Zerstörungen an den buddhistischen Tempeln Jayavarmans VII.
Zur selben Zeit kündigten sich gravierende Umwälzungen in Südostasien ab. Mit der Schwäche der Zentralmacht schwand auch deren Einfluss in der Peripherie des Reiches. Auf dem Gebiet des heutigen Thailand gab es eine Reihe von Thai-Fürsten und Generälen, die sich zwar in der Khmer-Hierarchie hochgearbeitet hatten, jedoch mit den autoritären Herrschaftsstrukturen zusehends unzufrieden waren.
Im Jahre 1238 erhoben sich zwei Thaifürsten mit Namen Khun Bang Klang Tao und Khun Pha Mung und nahmen die Garnisonsstadt Chalieng, das heutige Si Satchanalai, ein. Hier teilten sie ihre Armee und während ein Teil die Khmer-Armee, die in Sukothai stationiert war, zur Schlacht herausforderte, nahm der andere Teil die unbefestigte Stadt ein.
Im Jahre 1249 bestieg Khun Bang Klang Tao als Sri Inthrathit den Thron des neuen Königreiches Sukothai. Sein Gefährte wurde, da er mit einer Khmer verheiratet war, Vizekönig. Dem neuen Reich schlossen sich schnell weitere Thai-Fürsten an. Im Jahre 1253 eroberte die Mongolen-Armee Kublai Khans die südlichen Provinzen Chinas und löste eine Massenflucht der dortigen Bewohner nach Süden aus. Dort trafen sie auf ihre Verwandten, die Thai, die die Flüchtlinge aufnahmen. So wuchs der Einfluss der Thai immer mehr.
1279 bestieg mit Ramkamhaeng schliesslich ein charismatischer Führer den Thron Sukothais. Ramkamhaeng war ein militärisches Genie, dem es gelang, dass Reich Sukothais enorm zu vergrössern, zumeist auf Kosten des Khmer-Reiches. Auf der andren Seite scheint er aber auch ein äusserst milder und menschenfreundlicher Herrscher gewesen zu sein, dem das Wohl des Volkes am Herzen lag. Auch dies ein Grund dafür, warum sich Gebiete des Khmer-Reiches bereitwillig von den Autokraten in Angkor abwandten und sich Sukothai anschlossen. Darüberhinaus hatte er einen guten Draht zu den Mongolen, mit denen er Handel betrieb und somit vor ihren Angriffen einigermassen sicher war. Stattdessen eroberten die Mongolen 1282 das Reich der Cham und standen nun praktisch vor der Haustür Angkors.
Das Ende Angkors wurde jedoch an anderer Stelle besiegelt. Im Jahre 1351 gründete ein thailändischer Prinz namens U Thong in der ehemaligen Khmer-Festung Ayutthaya sein eigenes Reich und ernannte sich unter dem Namen Ramathibodi I. zum König Ayutthayas. Im Gegensatz zu den gemässigten Herrschern Sukothais errichtete Ramathibodi I. ein strenges Regime und übernahm sogar Teile des Devaraja-Kultes in seine Herrschaft, allerdings in abgemildeter, buddhistischer Form. Ayutthaya wurde schnell zur bestimmenden Militärmacht auf dem Gebiet des heutigen Thailand und schon im Jahre 1352 marschierten die Truppen Ramathibodis I. in Angkor ein und machten es zu einem Vasallen. Die Machtverhältnisse hatten sich umgekehrt.
Auch wenn die Thais nicht lange in Angkor blieben, die Stadt war in der Folge immer wieder Ziel siamesischer Angriffe. Gleichzeitig änderte sich aber auch die Wirtschaft der Khmer und China rückte noch stärker in den Fokus der kambodschanischen Wirtschaftsinteressen.
Im Norden versperrte jedoch Ayutthaya den Landweg und Angkor war als Seehafen denkbar ungeeignet. Die Stadt lag liegt zwar der Nähe des Tonlé Sap, dieser ändert jedoch regelmässig mit den Jahreszeiten seine Tiefe und Ausdehnung.
Phnom Penh wiederum, am Zusammenfluss von Mekong und Tonle Sap gelegen, verfügt über einen Zugang zum Meer, liegt auf der anderen Seite aber auch in unmittelbarer Nähe zu den enormen Fischgründen des Sees und dem umliegenden fruchtbaren Land. Daneben setzte sich etwa ab dem 14. Jahrhundert auch in Kambodscha der Theravada-Buddhismus durch. Das Interesse an zumeist hinduistischen Göttern geweihten Monumentalbauten schwand also ebenfalls. So wurde Phnom Penh immer wichtiger, während Angkor immer mehr an Bedeutung verlor. Im 15. Jahrhundert wurde Angkor schliesslich von Phnom Penh als Hauptstadt abgelöst. Die meisten Tempel wurden aufgegeben und vefielen. Vergessen, wie oft behauptet, wurden sie jedoch nie.
In den folgenden Jahrhunderten rückte Kambodscha immer mehr ins Zentrum der Interessen der beiden lokalen Grossmächte Siam und Vietnam, die sich das kleine Land gewissermassen als Puffer zwischen sich hielten, jedoch ständig Einfluss ausübten. Bei den Thais kam noch hinzu, dass sie den Khmer kulturell sehr nahe standen. Beide Völker waren von Indien geprägt, beide praktizierten den Theravada-Buddhismus und auch die Sprachen besitzen grosse Ähnlchkeiten. Auch heute noch betrachten viele Thais die Khmer als kleine Brüder, die hin und wieder auf den richtigen Weg gebracht werden müssen.